1863–1864 m. sukilimas
1863 m. naktį iš sausio 22-osios į 2-iąją prasidėjo sukilimas. Jau kitą dieną apie jį buvo žinoma Lietuvoje, kurioje veikusios slaptosios organizacijos taip pat ruošėsi pasipriešinimui. Todėl jau vasario pirmosiomis dienomis miške ėmė burtis sukilėliai. Judėjimas įgavo partizaninio pasipriešinimo pobūdį, sukilėliai slapstėsi miškuose, rengdami išpuolius prieš rusų karinius dalinius, miestelių ir kaimų bažnyčiose paskelbdami sukilimo aktą ir aktą apie žemės suteikimą valstiečiams. Daugiausiai būrių buvo susitelkę ir veikė ten, kur dideli miško masyvai. Trakų apskrityje tai buvo apie Žiežmarius ir Trakus, taip pat Rūdininkų giria. Vilniaus apskrityje – Šešuolių ir Lėno miškai.
Paneriai, kaip ir per 1831 m. sukilimą didesnio vaidmens sukilime nesuvaidino. Tik sukilėlių kelias palei Nerį vėl pasitarnavo. Teigiama, kad iš Vilniaus kasdien išeidavo po keturias–penkias dešimtis žmonių. Vienam tokių būrių, kuriame buvo 54 žmonės, vadovavo Ipolitas Pasierbskis. Lietuvos provincijų valdymo skyrius, vadovavęs sukilimui Lietuvoje, kovo mėnesį iš Vilniaus pasiuntė jį padėti Trakų sukilėliams. Būrys, kuriame buvo ir garsus dailininkas Mykolas Elvyras Andriolis, su savimi nešėsi daug ginklų ir amunicijos. Lietingą kovo 8-osios vakarą sukilėlių būrys išėjo iš Vilniaus, patraukė tarp griovų ir miškų pasislėpusiu keliu link Bieliūnų, iš jų – į Koplyčninkus, per Mozūriškes į Šilėnus. Nuo Šilėnų pasuko upės link, persikėlė į kairįjį Neries krantą ir sustojo pailsėti Mitkiškių dvare. Tačiau iš paskos, gavęs žinių, dar naktį iš Vilniaus išjojo „skrajojantis“ rusų būrys, vadovaujamas pulkininko Alchazovo. Jis tiesiog lipo ant kulnų Pasierbskio būriui, atsilikdamas nuo jo vos per 3 valandų kelio atkarpą. Jungtinis leibgvardijos ir kazokų būrys už Šilėnų persikėlė per Nerį ir sustojo nakvoti Vievyje, o rytui išaušus, nujojo Mitkiškių kryptimi, kazokai – per Kazokiškes tiesiai į dvarą, o pėstininkai – Neries pakrantėmis. Kaip rusai ir tikėjosi, Mitkiškėse, Melchioro Gorskio dvare, jie užtiko besiilsintį Pasierbskio būrį. Netikėtai užklupti sukilėliai atkakliai gynėsi. Nuo susišaudymo užsidegė šiaudiniai pasatų stogai, ėmė sproginėti viename iš jų sukrautas parakas. Sukilėliams pavyko iš apsupto dvaro prasiveržti į šalia buvusį mišką. Tačiau besitraukiant iš miško, jie buvo apsupti prie Neries. Užvirė durtynės žmogus prieš žmogų. Pulkininkas ataskaitoje gyrėsi, kad paspruko tik keli gyvi sukilėliai. Iš tiesų jų žuvo šešiolika. Dalis išsigelbėjusių, vadovaujami Pasierbskio, prisijungė prie Trakų sukilėlių būrio, kuriam vadovavo Feliksas Visluochas. Keli, vedami Mykolo Elvyrio Andriolio, grįžo į Vilnių. Netrukus, surinkęs naują žmonių būrelį, Andriolis prisijungė prie Liudviko Narbuto būrio Lydos apskrities miškuose.
Kartkartėmis paneriai išvysdavo ne tik į sukilimą traukiančius vilniečius, bet ir užklydusius Trakų apskrities sukilėlius. Štai vienas iš jų Panerių dvare privertė, pasak tardymo protokolų, dvaro savininką Stanislovą Riomerį perskaityti sukilėlių vyriausybės manifestą apie žemės suteikimą valstiečiams ir apdovanojimą žeme tų valstiečių, kurie įsijungs į sukilimą. Riomeris neprisipažino talkinęs sukilėliams, tačiau valdžia nepatikėjo – apdėjo dvarą 20 proc. mokesčiu kaip bausme už dvaro savininko paramą sukilėliams. Apskritai manytina, kad kaip ir visoje Lietuvoje, taip ir paneriuose, daugelis dvarų ir kaimų gyventojų kaip įmanydami rėmė sukilėlius maistu, rūbais, prieglobsčiu, dalis jų patys stojo į sukilėlių gretas.
Likę atokiau nuo pagrindinių mūšių vietų, paneriai tapo palyginti saugia sužeistų ir sergančių sukilėlių prieglauda. Beje čia, abipus Neries, netoli Rykantų, slapstėsi ir gydėsi vienas žymiausių Trakų apskrities, o ir visos Lietuvos sukilimo vadų Feliksas Visluochas.
1863 m. spalio pabaigoje sukilimas Vilniuje ir Trakų apskrityje, kaip ir visoje Vilniaus gubernijoje, atslūgo. Caro kariuomenė įveikė didžiausius sukilėlių būrius ir „atkūrė tvarką“. Prasidėjo represijų laikas.
